空军总医院中医科为国家中医药管理局“十一五”中西医结合代谢病重点专科建设单位、全国综合医院中医药工作先进示范单位、北京市中医管理局第三批综合医院示范中医科建设单位、空军中医内科专科中心。现有床位39张，有主任医师2名，特聘中医专家2名，副主任医师5名，主治医师5名及一批高素质的护理队伍，其中具有博士学位者5名，硕士学位者3名，空军高层次科技人才5名。全部高学历人员均师承国内著名中医专家。科室注重在继承中创新，突出中医药特色，充分发挥中医、中西医结合诊治疾病的优势，形成了“科有特色，人有专长”的发展模式。在运用中医药及中西医结合诊治慢性肾病、消化系统疾病、风湿类风湿关节疾病、恶性肿瘤、男科疾病、皮肤病、免疫系统疾病、呼吸系统疾病、心脑血管疾病、功能性疾病等方面独具特色。尤其是2008年中医科与内分泌科、康复科、针灸理疗科率先在国内组建了多学科联合的“中西医结合代谢病诊疗中心”，大大提高了代谢病的诊断、预防和治疗的能力，特别是对糖尿病及并发症、高尿酸血症和痛风、代谢综合征、脂肪肝、更年期综合征、骨质疏松的治疗和预防形成了一定的特点。先后承担国家及军队级科研课题多项，获军队医疗成果二等奖1项，军队科技进步二等奖2项、三等奖3项，中华中医药科技成果二等奖1项。出版医学专著20余部。该科在病区内倡导“人性化服务”的理念，提供中药“药浴”、“足浴”、“结肠治疗”、“经络离子灸导治疗”“多功能前列腺微波磁疗治疗”等具有中医特色的多项治疗服务措施，使病员置身于舒适优雅的病区内，享受良好的以中医、中西医结合为一体的治疗护理服务。