中医科室是集医疗、教学、科研于一体的综合科室。深圳中海中医科坚持正确处理继承与创新的关系，积极利用现代科学技术促进中医药的发展，实现中医现代化。采用了整体辨病、辩证施治的原则，对临床常见的慢性肝病、慢性胃肠疾病、胆石症、胆囊炎、老年心脑血管疾病、糖尿病并发症、慢性肾病等疾病进行了系统的经验总结，制定了行之有效的方剂，疗效较单纯西药治疗有显著的提高。近年来，深圳中海中医科室重点开展了中药对病毒性心肌炎、扩张性心肌病、心律失常等疾病的治疗，对预防PTCA及心脏冠状动脉搭桥术后的再栓塞及并发症的治疗，疗效明显。中西医结合肛肠科：科室拥有先进的检查、治疗仪器。治疗疾病从单一的痔、瘘、裂，肛周脓肿、肛周湿疹、肛门皲裂、肛窦炎、肛乳头瘤、扩展到直肠脱垂、直肠息肉、结直肠肿瘤、溃疡性结肠炎、直肠前突、出口梗阻性便秘等肛肠科常见疾病及各种疑难杂症，特别是在高位肛周脓肿一期根治、高位复杂性肛瘘、出口梗阻性便秘、溃疡性结肠直肠炎的治疗方面，有其独特的疗法，处于国内领先水平。在治疗过程中，可根据不同的病情采取不同的治疗方法(如注射疗法、电凝、电切、手术、药物熏洗、中药灌肠等)，真正达到了治疗过程中患者痛苦小、疗程短、疗效好的目的。