杭州市第三人民医院药剂科负责全院临床、科研用药的供应和全院药品的调剂、制剂工医院下沙制剂中心作；承担着培养药学专业各类学生的教育实习任务。同时还结合临床进行药剂学、临床药学及药学情报等领域的工作。药剂科设有门诊西药房、急诊药房、病区中心药房、药品库房、制剂室，药品检验室等部门。药剂科现有在编工作人员９０名，药剂人员６4名，其中副主任药师３名，副主任中药师1名，主管（中）药师１０名本科毕业生18名以及众多的具有丰富实践经验的药剂专业人才。药剂科的一大特色――外用皮肤科制剂。在多年使用过程中疗效确切，价格合理，深受广大病友的好评。目前制剂品种达80多种。2005年医院持资1000万元建立了省内最大的医院制剂中心——下沙制剂中心，有力地保证了临床需要。2007年，药剂科推出了先进的配药系统，进一步方便了病人。药剂科还负责平均每天4000余张的门诊处方调配工作及负责提供药学咨询服务和医院内部定期出版的《药讯》编制工作。