血液内科为北京大学深圳医院重点专科，为北京大学医学部硕士研究生点。科室目前共有医护人员31人，其中主任医师3名，副主任医师3名，主治医师1人，住院医生6人。硕士生导师2人。血液科目前有血液普通病区床位22张，还有专门为造血干细胞移植病人准备的百级层流净化病房4间，相对隔离床3张，后续治疗床4张。科室配有造血干细胞采集室和移植实验室。具有血细胞分离机、-80℃超低温冰箱、荧光显微镜、骨髓细胞检查工作站、血细胞分离机、二氧化碳孵箱、倒置显微镜等设备。血液科擅长诊治各种血液系统疾病如白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤、贫血性疾病、出凝血疾病等以及各种血液系统疑难杂症。医院检验科、病理科、核医学科等临床检验科室可提供完备的血液系统检查，目前已开展恶性血液病的形态学、免疫学、和遗传学分型，使白血病和淋巴瘤的诊断和国际标准接轨，治疗疗效达到国内先进水平。造血干细胞移植工作为科室建设的重点发展方向，自2002年在北京大学知名专家郭乃榄教授指导下开展造血干细胞移植以来，迄今已完成60余例，移植类型包括骨髓移植、脐血移植、外周血造血干细胞移植、骨髓混合外周血造血干细胞移植。移植病种也从最初的白血病缓解期拓展至难治白血病、多发性骨髓瘤、急性再生障碍性贫血、淋巴瘤、骨髓增生异常综合征等，疗效达到国内较高水平，处于深圳市领先地位。尤其近年成功开展了人类白细胞抗原（HLA）不完全相合血缘造血干细胞移植，其无病生存率达国内较高水平，为恶性血液病患者带来了极大的生存机会。2007获卫生部非血缘造血干细胞移植医院准入资格。