消化科是黑龙江省医院消化分院协作科室。医疗设备先进，拥有日本富士能电子胃镜、欧林巴斯十二指肠镜和结肠镜。医疗技术力量雄厚，胃、肠镜检查，诊断率高，诊治常见病、疑难病科学规范，此外，内镜下诊断和治疗技术在我市处于领先地位。开展的诊疗技术有：胃、肠镜下息肉电切除术；胃、肠异物、胃石取出术；V2胃胶喷洒治疗上消化道出血；还采用介入技术进行食道支架置入术，治疗食道良性狭窄，食道癌；逆行胰胆管造影（ERCP），诊断胰、胆系统疾病；在我市首家开展了十二指肠乳头切开网蓝取石术治疗胆总管结石；并开展了目前国内先进的内镜下介入治疗慢性胰腺炎（包括取胰石、胰管狭窄扩张、置胰管支架）技术。