湖州市中心医院消化科是一专门从事消化系统疾病诊断、治疗、科研和教学的专业科室，内设消化科病区和消化内镜中心。本科人才梯队结构合理，具有主任医师、副主任医师、主治医师、博士、硕士等不同层次的专业人才。在各种消化系疾病的诊断及治疗治疗上达到了国内先进水平，尤其对消化道大出血、重症胰腺炎、复杂性胆道结石、炎症性肠病等诊治具有丰富经验。建科以来不断创新和发展，创造了无数个“第一”。开展了的内镜治疗项目、消化道电生理检查、胶囊内镜诊断系统，均在本地区首先开展并填补空白，与省内大医院保持同步发展，形成了以内镜、放射、超声介入为优势，以胆胰疾病治疗为特色的专科。消化内镜中心是唯一被湖州市卫生局核定的“湖州市”消化内镜中心，是全市内镜诊断、、治疗、培训、教育、会诊、质控中心。