安徽省立儿童医院消化内科是从该院最早成立的儿内科逐步发展成立的，前身是成立于1999年的内科消化学组，2008年正式成立消化内科，也是全省儿科最早成立的儿童消化专科，经过10余年的努力，使本专业取得了长足发展，目前临床、科研、教学等各项工作均走在全省前列。消化内科由消化专科病房、消化内窥镜室、13C-呼气试验室和肠道门诊组成。目前有主任、副主任医师各一名，主治医师、住院医师数人。消化内科率先在全省开展儿童消化内窥镜检查和13C-呼气试验检查。已开展的诊疗项目有：小儿胃镜、结肠镜诊断技术和小儿消化内镜治疗技术--消化道异物钳取，胃扭转复位，胃镜直视下局部喷洒止血，结肠息肉高频电凝摘除（与儿外科合作）等。已开展胃镜2000多例，其中最小年龄仅出生后36小时的新生儿；还开展了13C-呼吸试验。对儿科常见的消化系统疾病胃食道反流、慢性胃炎、消化性溃疡、幽门螺杆菌、小儿消化道出血、小儿急性腹泻、迁延性、慢性腹泻病、溃疡性结肠炎、坏死性小肠结肠炎、小儿慢性腹痛、小儿便秘等有一系列较成熟的诊断和治疗方案，对婴儿肝炎综合症，婴儿胆汁淤积症等常见小儿肝胆疾病及胰腺炎等疾病能及时诊断和治疗。成功抢救数例消化道大出血、腹泻合并重度脱水、坏死性小肠结肠炎、重度营养不良等消化系统疾病患儿。对消化系统食物过敏性疾病、难治性腹泻、周期性呕吐、先天性消化道畸形、肠系膜上动脉压迫综合症、消化道肿瘤的诊治具有一定的水平。