外科分设外科门诊、病房、外科手术室、外科换药室等，有副主任医师一名，二名主治医师，主管护理三名。外科近十年来在疾病的诊断、治疗、手术等方面有了长足的发展，曾先后派人去军区总院、鼓楼医院、市第一医院进修普外科、骨科、麻醉等手术室的现代化管理，并与鼓楼医院等Ⅲ甲医院有密切的业务协作曾开展过乳癌根治手术、胃癌根治手术、人工关节置换等大型手术。胆囊切除术、阑尾切除术、疝修补术、四肢骨折内固定术，已成为我院外科常科手术。手术总是每年上百多次。其并发症、手术感染率均低于大医院。外科手术室配备了多功能手术床、子母式无影灯、最先进的心电监护设备，能开展全身麻醉、腰椎麻醉等，并接纳了外院转来的大量手术。许多职工不出校门就能得到南京市、江苏省一流专家的主刀手术，深受教职工、学生欢迎。