广州医学院第三附属医院内镜中心成立于2005年6月，是广州市“三甲”医院中设施最先进、开展内镜诊疗种类最全面的单位之一，亦是广州西区最大的内镜中心。目前，内镜中心隶属消化内科管理，现有技师1人，内镜专科护士3人，均在亚太消化内镜培训中心进行过系统的学习和培训。内镜中心作为一个崭新的平台，全心全意为各位临床科室和广大患者提供优质的服务。目前开展的内镜治疗项目主要有：电子胃、肠镜检查术；电子双气囊小肠镜检查；超声内镜诊疗术；内镜下止血和异物取出术；食管静脉曲张破裂出血的结扎和硬化剂治疗；内镜下胃、小肠造口术；消化道狭窄的内支架治疗；胃和肠息肉摘除术；消化道黏膜下肿瘤的尼龙绳结扎治疗；贲门失弛缓症气囊扩张治疗；内镜下肠梗阻导管置放减压术；内镜下消化道肿瘤局部化疗术；治疗性ERCP；电子气管镜和电子喉镜诊疗等。