上海肺科医院结核病科是国内最早的结核病预防、治疗和研究机构，具有70余年结核病诊断治疗的丰富经验，是全国结核病控制分中心所在地，是上海市唯一的结核病定点三级医院，在上海乃至全国都享有很高的声誉，吸引了全国各地的病人乃至海外病人前来就医。上海肺科医院结核科拥有五个病区，近220张病床。平均每年收治病人近4000例，数量之多居全国专科之首。在职医生中现有高级职称者11名，中级职称13名，硕士生导师1名，博士1名，硕士3名。上海肺科医院结核科是中国防痨协会副理事长和中华医学会结核病科学会副主任、上海市肺科学会副主任单位，亦是上海市结核病学组组长单位。在本专业核心刊物“中华结核和呼吸病杂志”和“中国防痨杂志”中有顾问、副主编和编委共3人。上海肺科医院结核病科负责起草过“非结核分支杆菌病诊断与处理指南”和“耐多药结核病化学治疗处理的意见”等国家级技术性文献。主编或参编多部著作的撰写（包括内科研究生教材），曾受世界卫生组织的委托，成功地翻译出版了《结核病临床手册》，并承担着国家级结核病继续教育项目。近年来发表科研论文50余篇；编译专著4部。上海肺科医院结核病科在其专业方面是上海市的领头羊，也是国家的领先学科。结核科拥有一批本市乃至全国的知名专家，具备结核病诊断治疗所需的一切仪器设备和技术条件，不仅在诊断和处理一般性肺结核疾患具有相当高的水平，尤其对难治性肺结核病，特别是耐多药结核诊治有独到之处，处于国内先进水平。开展经纤维支气管镜肺活检，免疫治疗，介入治疗，耐多药结核综合疗法等。同时，在诊断和处理非结核分支杆菌肺病方面在全国处于领先地位。上海肺科医院结核病科近年来承担着国家科委的“十五攻关课题”《耐多药结核病的综合性治疗》和上海市科委投资的科技攻关项目《耐多药结核病的规范化疗》，获经费支持50余万元，上述科研将在2006年全部完成。