呼吸科成立于2006年3月1日，以卢水华为学科带头人，现有高级职称2人，中级职称4人。呼吸科设病床48张，自成立以来，就诊患者已达数千人次，是上海市三所三级甲等结核病诊治定点医院之一。呼吸科具有完整的结核病诊断治疗和管理方案，诊治范围：肺结核（初治、复治、耐多药结核病）、非结核分枝杆菌病、全身疾病合并结核病，如肝病合并结核病、艾滋病合并结核病、糖尿病合并结核病、妊娠合并结核病等；对各种肺外结核，如淋巴结核、骨结核、结核性脑膜炎、肾结核、生殖系统结核、腹腔结核、皮肤结核等疾病的诊断和治疗具有独到之处。呼吸科是上海市儿童结核病的唯一定点收治医院，科室成立以来，已收治数百名儿童结核病患者，具有丰富的经验。呼吸科在肺癌及其它呼吸系统疾病（哮喘、支气管炎、肺炎、支气管扩张、肺脓肿、尘肺等）的诊疗方面具有丰富经验。呼吸科依托中心临床检验医学部及科研科优厚的呼吸疾病的病原学和组织病理学检测系统，形成了对胸部疾病的立体检查体系，大大提高了呼吸道感染疾病和其他肺部疑难疾病的的诊断水平，在不明原因肺炎的诊疗方面具有深厚的实力。在2009年甲型H1N1流感肆虐期间，呼吸科承担了重要的诊治任务，在重症甲型H1N1流感的诊治方面积累了宝贵的经验。呼吸科拥有大型肺功能监测仪、荧光气管镜、各种进口呼吸机、心电监护仪等各种先进设备。呼吸科常规开展支气管肺泡灌洗术、经支气管镜细胞刷检、经支气管镜肺活检，CT引导下经皮肺活检术等，并积极开展各种介入治疗，如经皮肺穿刺注药治疗空洞性肺结核，纤支镜下局部注药治疗支气管结核，成效显著；荧光支气管镜，对肺癌的早期诊断具有独特的诊断价值；同时应用呼吸机进行机械通气抢救治疗各种原因引起的急慢性呼吸衰竭。呼吸科位于中心A1大楼，三楼收治各类结核病，二楼为鉴别诊断区，收治需鉴别诊断患者，以及其它呼吸系统疾病患者，设单人、双人及贵宾病房，以适应患者不同的需求。