1994年，感染科（时称传染科）设有病床40张，科主任蒋国庆。1995年9月，曹菊西任传染科主任；12月传染科更名为感染科。2005年6月，俞建平任感染科主任。感染科在对暴发性肝衰竭治疗中，独创大黄乌梅汤滴肛疗法，在退黄、醒脑、减轻内毒素血症及肝肾综合症防治方面，总结出一定的经验。2000年，开展肝病治疗仪、前列腺素e液治疗慢性活动性肝病.2002年,开展单磷酸阿糖腺甘治疗慢性乙肝疗效观察,单纯血浆置换----机械人工肝支持系统治疗重症肝炎疗效观察.腹水浓缩回输术治疗顽固性腹水疗效观察等.2003年,开展支气管动脉治疗难治性喀血、腹水超滤浓缩腹腔回输书术治疗顽固性腹水等新项目。2005年开展阿德福韦治疗贺普丁诱导的ymdd变异乙肝患者、a1胸腺肽联合苦参素治疗慢性乙肝患者等新项目。感染科积极应对各类公共卫生突发事件，1987年到1988年间先后流行乙脑、流行性出血热；1999年高虹镇爆发痢疾、锦城老阳光大酒店食物污染所致痢疾集体发病，2001年重大食物中毒事件，2002年副伤寒爆发流行，2003年“非典型性肺炎”和甲型肝炎局部流行等传染病的防治中感染科发挥了重要作用。2003年4月为防治“非典型性肺炎”，设立发热、咳嗽门诊和发热病区，出色的完成了隔离及医疗任务。2005年，为防治禽流感，感染科设立禽流感可疑病人隔离病房，设立床位10张。