南京军区总医院儿科创建于1946年，1965年10月部分人员调出组建军区八二医院（儿童医院），其间儿科编制一度被取消，1968年10月恢复。床位最多时曾达到150张。现为军区儿科中心。80年代初期，率先在军内外儿科开展肾穿刺活检，并带动了整个医教研工作。现有床位39张，根据需要可展开至43张，肾脏疾病患儿平均日在位36人，近几年床位平均使用率达91.3%，平均住院日8.8天，收容1300多人次，年均门诊量30000人次以上，年均急诊量近10000人次。有万元以上设备6台，总价值30万元。目前儿科专科技术发展主攻方向儿童肾脏病，擅长于小儿肾脏病的诊断和治疗，是国内最早的小儿肾脏病专科之一，长期致力于小儿肾脏病的临床和科研，并于70年代末率先在国内开展小儿肾穿刺，多次在国内首先报道发现罕见病例（如：脂蛋白肾病、弥漫系膜硬化等），肾穿刺活检人数已近1700例次（在国内最多），尤其是在儿童肾脏病的治疗（FK506、霉酚酸酯、环孢霉素、双倍剂量雷公藤、甲基强的松龙配合大剂量环磷酰胺冲击等）、肾穿刺活检数（200人次／年）、重复肾活检（10例/年）和科研课题、科技成果等方面均处于全国儿肾的前列。近年来获得全军医疗成果二等奖2项，军队科技进步和医疗成果三等奖8项，江苏省科技进步三等奖2项，军队科技进步四等奖4项；获得国家自然科学基金课题、国家科技部“十五”攻关课题、全军“九五”课题、全军第二批面上项目课题、全军“十五”课题、江苏省自然基金课题、军区“十五”规划课题各1项及院管课题12项；在核心期刊发表论文120余篇，被SCI收录1篇。