病理科目前在编职工5人，其中医师2人，技术员3人，包括副主任医师1名及主管技师1名。常规开展组织病理（包括骨髓活检、肾穿刺活检等）、术中冷冻、细胞病理、尸体解剖、免疫组化，同时接受院外会诊。病理科在前任张忠德主任的领导下，迅速发展。在儿童肿瘤及畸形的病理诊断上处于全国领先地位：每年接受来自全国各地的疑难、少见病例近200例；为全国小儿淋巴瘤协作组的病理复审单位；在先天性巨结肠诊断中为全国首家应用直肠黏膜吸引活检技术病理诊断此病的单位；先天性巨结肠获得上海市科委三等奖等奖项。每年接受全国数十例经多家单位会诊而仍不明确的疑难病例，成为儿科病理最有影响力的诊断单位，对先天性心脏病的病理解剖有丰富的经验。在病理科成立的近10年内，共有2人次在国外儿童医院病理科接受培训，1人次参加国际病理学会第27届国际大会并在会上发言；同时为全国多家儿童医院（包括重庆儿童医院、武汉儿童医院等）的骨干病理医生提供进修。科室以第一作者发表的儿童肿瘤及畸形文章10余篇，其中包括SCI1篇。