厦门市第三医院创建于1920年，前身为厦门市同安医院，是一所历史悠久、集医疗、科研、教学、预防、保健为一体的综合性“三级乙等医院”、“省级文明医院”、“国家级爱婴医院”、“国际紧急救援网络医院”和“福建省道路交通伤员救治定点医院”。随着厦门市建设海湾型城市的实施和厦门市政府关于厦门市卫生资源调整优化配置意见，我院将新建一所占地123.69亩，设病床1100张的现代化新型三级医院；首期投资1.6亿元，设病床550张，总建筑面积6万平方米，现已建成并将于2005年正式投入使用。新医院环境优美、医疗设施先进，门诊、办公、医技、住院楼、学术交流会议厅、信息中心、实验楼应有尽有。配备呼叫、电话、网络、智能化、人性化设施，病人可在医院里上网、购物，享受宾馆式的服务。
　　厦门市第三医院现有在职职工 780余人，其中高级职称 68人，中级职称 280 人，有博士、硕士学历人员 20 余 人。年门、急诊量40余万人次，年收住院 1.5 万人次，年手术3000余人次，业务量处于厦门市第三位。医院还承担着福建医科大学、福建中医学院、莆田学院等医学院校的医学教学任务。
　　厦门市第三医院科室齐全。现有临床一、二级学科和医技科室 37 个。设有消化内科、呼吸内科、心血管内科、干部病房、内分泌科、肾内科、神经内科、血液科、肿瘤内科、普外科、神经外科、胸心外科、泌尿外科、骨科、肿瘤外科、眼科、耳鼻咽喉头颈外科、妇产科、儿科、中医科、皮肤科、康复科、口腔科、放射治疗科、手术麻醉科、急诊科、放射科（含 CT 、DSA、磁共振）、功能检查科、检验科、病理科、高压氧科、药剂科等科室，其中肿瘤科、心血管内科、神经内科、神经外科、妇产科、骨科为我院优势科室。医院设有肿瘤中心、腔镜中心、创伤中心等多个医学中心以及远程会诊中心、“120”急救网络系统和计算机网络管理系统等；形成了院外急救、院内抢救、急诊速救和监护治疗等综合配套的体系网络，其综合抢救、治疗实力在岛外处于领先地位，部分医疗项目达到省级医院水平。随着厦门市建设海湾型城市构想的实施和厦门市政府关于厦门市卫生资源调整优化配置意见，厦门市第三医院已被市政府列为重点发展医院之一。发挥区位优势，致力于打造成闽西南具有影响的市级三大医学中心（创伤救治中心、腔镜治疗中心、肿瘤治疗中心）和一个市级重点学科（心脑血管科），立足本地，辐射周边地区，为更多的患者提供优质的、便捷的服务。
　　厦门市第三医院设备先进。拥有模拟定位机、钴60治疗机、螺旋CT、1.5T磁共振、数字化乳腺X 光机、彩色B超、彩色多普勒、 24 小时动态心电血压分析系统、全自动生化分析仪、血气分析仪、腹腔镜、胸腔镜、脑室镜、关节镜、超细电子胃镜、电子支气管镜、高压氧舱、ICU、数字减影 X 光机（DSA）、 数字摄片机（DR）、COBESpectra 血液成分分离机、库尔特血液凝集仪、流式细胞仪、超高倍显微镜及细菌培养的全套先进医疗设备。
　　厦门市第三医院重视开展新技术、新业务，形成了崇尚科学、注重科学的优良传统。近年来，全院共有26个科室， 96项科研成果获省、市、区科技成果奖；发表论文近千篇。