上海海员医院创建于1955年，是南通医学院、安徽医科大学的教学医院，上海市中医药大学针灸实习基地，日本外航航员医疗事业团在中国的特约医院，并承担移民澳大利亚、新西兰等国的移民体检和上海市涉外婚检，是一所集医疗、教学、科研、防疫、保健为一体的综合性职工医院，1004年首批通过卫生部二级甲等医院评审，1996年首批成为上海市医疗保险约定医院，1997年起连续四年被评为上海市文明单位、上海市卫生系统文明单位。

设临床科室22个、医技科室15个，实行24小时就诊制。现有内外科、妇科、儿科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、肝炎科、中医科、伤科、针炙科、老年科、肿瘤科、病理科、放射科、检验科、特检科。