合肥武警医院有南北二区，北区（总院）位于合肥市长丰路78号，南区（分院）位于合肥市金寨路。医院前身为解放军696野战医院，始建于1962年，1982年改隶武警.曾出色完成过东南沿海备战，唐山抗震救灾，对越自卫反击作战以及抗洪抢险，处置突发事件等急，难，险重任务。
　　合肥武警医院党委始终坚持“科技兴院，质量建院”的方针，按照“院有重点，科有特色，人有专长和人无我有，人有我精，人精我新”的科技发展思路，艰苦创业，开拓进取。牢牢把握以“质量”求生存，以“特色”求发展，以“精品”求效益，以“管理”促稳定，三个效益稳步上升，综合实力显著提高，现已发展成为技术精湛，力量雄厚，信息资源丰富，设施先进，环境优美，交通便利，集医疗，教学，科研，预防，保健，康复为一体的综合性部队三级甲等医院。医院是武警天津医学院临床教学医院，南京大学附属鼓楼医院合作单位，安徽中医学院临床教学医院，安徽省暨合肥市城镇职工基本医疗定点医疗单位。多次被省市政府授予拥政爱民先进单位和精神文明建设先进单位。
　　合肥武警医院占地67000多平方米，展开床位550张，拥有一批高级、中级，博士生，硕士研究生等科技人员，基本形成高，中，初梯次配置，结构合理的人才队伍。医院设置35个专业科室，在坚持为部队服务的同时，全面向地方开展优质的诊疗服务。
　　合肥武警医院拥有武警部队和安徽省内最大的高压氧舱，核磁共振，ＣＴ，螺旋ＣＴ，ＤＲ，ＣＲ，数字化X线机，腹腔镜，关节镜，Ｘ－刀，数字化胃肠机，消化内镜，纤维支气管镜，椎间盘镜，８００mA X光机，超声刀，美国雅培化学发光仪，碎石机，前列腺气化镜，钬激光，输尿管镜，经皮肾镜，彩色Ｂ超，心脏彩超，以及先进的大型血液透析中心等大中型医疗设备1000余件，总价值１个多亿。
　　合肥武警医院拥有武警部队两个医学专科中心（腹腔镜外科技术应用中心，肾病医学专科中心）和１１个重点专业科室（普外科，神经内科，脑外科，骨科，心胸外科，消化内科，肾内科，高压氧科，泌尿外科，麻醉科，病理科）。其中腹腔镜外科技术应用中心自９３年以来，在胆囊摘除的基础上已拓展３２个病种，完成近5万例手术，居全国先列；肾病医学专科中心自１９９２年以来，肾内科已完成各种透析３万多人次，救治急慢性肾衰２０００多人，肾外成功开展各种异体肾移植和亲属供肾移植６００多例，成功率达９６.６％，特别是胰肾联合移植的成功，标志着我院此项技术跻身于全国先进行列。填补安徽省空白的显微内窥镜技术治疗腰椎间盘突出以切口小，出血少，恢复快的优势为来自北京，浙江，江苏，湖北，安徽等地600多名患者解除痛苦，该技术达到国内先进水平，深受社会各界的一致好评。
　　合肥武警医院又成功开展了关节镜手术和心脏不停跳下的冠状动脉搭桥手术，室间隔缺损修补术和腋下小切口双瓣置换术，使医院的微创外科技术领域又迈上了一个新的台阶；角膜移植以100%的移植成活率走在了省内和武警部队的先进行列。神经外科在完成脑立体定向手术治疗震颤性麻痹，脑干区域占位性病变切除，坐位后开颅双侧大型听神经瘤切除等高难度复杂性脑部病变手术的同时又成功的将微创技术应用于临床。神经内科不仅擅长神经免疫性疾病，神经心理，缺氧性脑病和各种脑血管病的诊治，而且还积极开展神经电生理的临床应用研究。消化内科在微波技术治疗上消化道出血，食管内支架治疗食道良恶性狭窄和ERCP技术上积累了大量宝贵经验。高压氧科在急慢性缺血缺氧性脑病，特异性感染，减压病以及气栓症等疾病中疗效明显。2003年医院建成并开通了“军字一号”医院信息系统，使医院的信息化建设上了一个新台阶。