重庆三峡中心医院儿童分院的前身系中心医院小儿科。该科成立于1945年，曾先后荣获万州区、重庆市、全国“巾帼文明示范岗”及重庆市“三八红旗集体”等荣誉称号。经过五十余年的栉风沐雨，目前已发展壮大成为集儿童疾病诊断、治疗、保健、临床教学任务于一体，服务范围覆盖三峡库区及周边23个区县，专业设置齐全、技术力量雄厚、医疗设备完善的特色儿童专科医院，是三峡库区第一家也是唯一的一家儿童专科医院。
重庆三峡中心医院儿童分院地处万州区新城路、王牌路、太白路三条城区交通干线的交汇处，门前车水马龙、熙来攘往，入内则宁静安谥、别有洞天。大楼整体设计独具特色，内部装修充满童趣，病房设施高档舒适，建筑面积达17300平方米，于2004年8月正式启用。
重庆三峡中心医院儿童分院现有编制床位300张，住院部开设儿内科、儿外科、新生儿科、危重症监护中心四个病区。门诊部除开设普通内、外科门诊外，还设有急诊科、儿童保健、儿童哮喘防治、小儿肾病、小儿遗传咨询、小儿神内、癫痫等特色门诊，并设有可同时接纳百余位患儿的输液中心及特需输液病房。此外，适应儿童特点的药剂、检验、放射、功能等医技科室也配套齐全。
重庆三峡中心医院儿童分院拥有一支业务技术精湛、医德医风高尚的专业技术队伍。现有专业技术人员100余人，其中正高职称专家2人，副高职称专家11人，实行24小时全天侯诊治，能为14周岁以下儿童（包括新生儿）的身心健康和疾病诊治提供可靠的技术保证。并承担了川北医学院、第三军医大学、泸州医学院等高等医学院校儿科学教学实习任务及基层医院儿科医师进修培训任务，每年接纳进修实习生200余人次。
重庆三峡中心医院儿童分院采用中央空调、中心供氧、信息处理自动化等到现代化装置，，并依拥有小儿呼吸机、多参数心电监护仪、微量输液泵、婴儿高压氧舱、新生儿红外线辐射抢救台、恒温箱、儿童肺功能检测仪等先进的儿科专用医疗设备托总院拥有美国通用X射线断层检查仪、德国西门子医用直线加速器、磁共振成像系统、美国通用彩色多普勒超声诊断仪、日立全自动生化分析仪等大批大、中型先进医疗设备的“资源共享权”，能够多层次、全方位地满足患儿就医的需求。
重庆三峡中心医院儿童分院全体医护人员将严格遵循“团结进取、仁爱慎独、德高医精”的院训要求，秉承严谨求实的工作作风，患儿至上的服务宗旨，创新奋进的管理模式，以百倍的努力，千倍的爱心，情倾患儿，回报社会，借医疗卫生改革的东风，为创建三峡库区乃至全国一流的儿童医院而努力奋斗！